湯山荘 阿讃琴南が誇る温泉は、古くから名湯として親しまれてきた自家源泉「美合（みあい）温泉」です。泉質は肌当たりの柔らかな低張性弱アルカリ性冷鉱泉で、湯上がり後の肌がなめらかになると女性層からも支持されています。
本館大浴場「河畔風呂 せせらぎ」は、深緑の渓流を眼下に望むダイナミックなロケーションが特徴です。内湯の大きなガラス窓からは四季折々の山景が広がり、露天岩風呂に身を沈めれば清流の音とマイナスイオンに包まれる極上のリラクゼーションを体感できます。プライベートな入浴を好む方向けには、趣の異なる貸切露天風呂「なごみの湯」も併設されており、チェックイン時の事前予約でスムーズに利用可能です。
なお、「日帰り温泉とランチのセットプラン」を検討するユーザーも多く見られますが、阿讃琴南では宿泊客のプライバシーと静寂な環境維持を最優先としているため、日帰り入浴単体での一般開放は基本的に行っていません。特定時期にランチと温泉がセットになった特別プランが公式サイト等で限定販売されるケースを除き、基本は宿泊者専用の隠れ家リゾートとして設計されています。
