キョダイマックスと通常のダイマックスには、システム上および戦術上の明確な違いが存在します。HPが最大2倍に増加する点や、効果ターンが3ターンである基本ルールは共通しているものの、以下の2点において明確に差別化されています。
第1の違いは「外見（グラフィック）の劇的な変化」です。通常のダイマックスは体が赤黒い光を放ちながら巨大化するだけですが、キョダイマックス個体はビル群のような姿に変貌するジュラルドンや、超巨大な船のようになるラプラス、ビル街を背負うカビゴンなど、完全オリジナルの壮大な姿へ変化します。
第2の決定的な違いは「専用キョダイマックスわざの仕様」です。ダイバーン（晴れ化）やダイサンダー（エレキフィールド化）といった通常技が持つ天候・フィールド操作の代わりに、定数ダメージや状態異常付与といった独自効果が発動します。天候やフィールドを書き換えたくないパーティ構成の場合、あえてキョダイマックスを選択する戦術的利点も生まれます。
