日本国内において金正日の名が最も重く刻まれた瞬間が、2002年9月17日に平壌で開催された小泉純一郎首相（当時）との歴史的な日朝首脳会談と日本人拉致問題の展開です。
当時、北朝鮮は経済破綻と国際的孤立を打破するため、日本からの巨額の経済協力を期待していました。会談の冒頭、金正日は過去の日本人拉致を国家的な犯罪として公式に認め、次のように発言して謝罪しました。
「特殊機関の一部が妄動主義に走り、英雄主義にかられて暴走した。工作員に対外学習を行わせるため、そして他人の身分を偽装して潜入工作を行う目的だった。関係者はすでに処罰した」
蓮池薫さん夫妻や地村保志さん夫妻ら5人の被害者生還が実現した一方、横田めぐみさんらについて「死亡」と一方的に通知された事実は、日本社会に底知れぬ怒りと不信をもたらしました。提出された「遺骨」から別人のDNAが検出されるなど北朝鮮側の不誠実な対応が続き、国交正常化交渉は事実上頓挫。金正日が計算した「謝罪による関係改善」は完全に裏目に出て、制裁の強化と対立の固定化を招く結果となったのです。
