京都府立植物園へのアクセスは、京都市営地下鉄烏丸線を利用するのが最もスムーズです。
北山門へは地下鉄「北山駅」の3番出口から直結（徒歩すぐ）。正門へ向かう場合は「北大路駅」から徒歩約10分、または市バス利用が便利です。京都駅から地下鉄で乗り換えなし約15分という抜群の立地は、遠方からの観光客にとっても大きなメリットといえます。
一方、車で来園する際の京都府立植物園の駐車場は、賀茂川沿いの北山通側に大規模な駐車場（普通車約150台収容）が整備されています。ただし、桜や紅葉のピークシーズン、週末のイベント開催日などは午前中に満車となることが珍しくありません。スムーズな入園を狙うなら、公共交通機関の利用か、午前中の早い時間帯の到着が推奨されます。
