物語の中盤で明かされる最大の衝撃が、三葉と瀧の間に横たわる「3年間の時間差（タイムラグ）」です。二人は同じ現在を生きていると思い込んでいましたが、実際には三葉の世界は2013年、瀧の世界は2016年でした。
この時間軸のズレにより、二人の実質的な関係性は以下のようになります。
入れ替わりが起きていた当時、三葉は高校2年生（17歳）で、瀧は中学2年生（14歳）でした。つまり、三葉は瀧よりも3歳年上です。三葉が瀧に会うために東京を訪れた際、まだ自分を知らない3年前の中学生の瀧と中央線の車内で遭遇し、赤い組紐を手渡す切ないシーンは、このタイムラグの存在を象徴する屈指の名場面として語り継がれています。
