次亜塩素酸水が抱える最大の弱点は、その化学的な「不安定さ」にあります。生成直後には十分な殺菌力を持っていても、保管状態によって有効塩素濃度が劇的に低下します。
現場での追跡調査やメーカーの安定性試験データによると、次亜塩素酸水は「紫外線（直射日光）」「高温」「空気（酸素）」「有機物との接触」によって極めて短期間で分解が進みます。透明なペットボトルに移し替えて窓際に放置した場合、わずか数日から1週間程度で有効塩素濃度が数ppmまで激減し、ただの微小な塩水になってしまう事例が多発しました。
オフィスや店舗で「除菌スプレー」として設置されていながら、測定紙で計測すると塩素濃度がゼロだったという現場の告発は少なくありません。次亜塩素酸水を有効に機能させるためには、遮光性・密閉性の高い専用容器を用い、冷暗所で保管し、製造から1〜3ヶ月以内に使い切るという厳格な品質管理が不可欠です。
