ファンの間で最も議論を呼んでいるのが、『機動戦士ガンダムSEED FREEDOM ZERO』が位置する時系列とあらすじの真相です。バンダイナムコフィルムワークスの公式発表資料および福田己津央監督へのメディアインタビューによると、本作はC.E.（コズミック・イラ）75年の劇場版『SEED FREEDOM』本編直前の時間軸を舞台にした「正統な前日譚」として構成されています。
劇場版冒頭では、すでにラクス・クラインを初代総裁とし、キラ・ヤマトやシン・アスカらが所属する世界平和監視機構「コンパス」が稼働していました。しかし、前作『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』（C.E.74）の終結からコンパス設立に至る過程、そしてなぜキラがあれほどまでに孤独な重責を背負い込み、疲弊するに至ったのかという決定的な経緯は、劇中では断片的に示唆されるにとどまっていました。
本作のあらすじの中核は、「コンパス結成初期における治安維持任務と、激化するブルーコスモス残党との過酷な交戦」にあります。世界的な武力介入組織が立ち上がる過渡期において、各陣営（地球連合・プラント・オーブ）の政治的思惑が激突し、最前線に駆り出されたキラたちが直面した「報われない戦いのリアル」が克明に描写されます。
