ミニトマトの表面に生じる茶色い斑点は、「生理障害による変色」か「病原菌・カビによる感染症」かの2系統に大別されます。最も重要な判断基準は、果肉の組織崩壊や異臭、カビの発生を伴っているかどうかです。
実の先端（ヘタの反対側）が平らに凹んで黒褐色に変色する典型的な「尻腐れ」の場合、病原菌による病気ではなく、土壌中のカルシウムが実に届かないことで起こる生理障害です。毒素は発生していないため、茶色く変色した硬い部分を包丁で深めに削ぎ落とせば、残りの果肉は問題なく食べられます。同様に、強烈な直射日光で果皮が白っぽく変色した後にコルク化した「日焼け果」も食中毒のリスクはありません。
一方で、絶対に口にしてはならない危険なサインが存在します。斑点の中央が柔らかくジュクジュクと崩れているもの、同心円状の輪紋が広がり中央に黒や白のカビ胞子が見えるもの、酸っぱい腐敗臭がするものは、炭疽病や疫病、軟腐病などの微生物汚染が進んでいます。目に見える斑点部分だけを切り取っても、目に見えない菌糸や微生物毒素が果汁全体に拡散している恐れがあるため、迷わず廃棄処分を下してください。
