物語の発端は、万事屋の銀時がスリの少年・晴太と出会ったことでした。晴太は、幕府すら手を出せない地下の巨大遊郭「吉原桃源郷」で最高位の花魁として君臨する母・日輪に会うため、必死にお金を稼ごうとしていました。
吉原は「太陽を奪われた街」と呼ばれ、宇宙最強の戦闘種族「夜兎族」の生き残りである夜王・鳳仙によって冷酷に支配されていました。銀時たちは晴太の想いに応えるため吉原へ潜入しますが、そこで吉原の自警団「百華」の頭領である月詠（つくよ）と対峙することになります。
当初は侵入者を排除しようとした月詠でしたが、吉原を救いたいという秘めた願いと銀時たちの覚悟に触れ、共闘を決意。銀時、新八、神楽、月詠らは、鳳仙の圧倒的な恐怖に抗い、日輪を救い出して吉原に「本物の太陽」を取り戻すための壮絶な反乱へと身を投じていきます。
