運転見合わせ時に頼りとなる振替輸送だが、全ての乗車券で利用できるわけではない点に注意が必要だ。
振替輸送が適用されるのは、すでに「運転見合わせ区間の定期券」や「目的地までの普通乗車券・回数券」を所持している場合に限られる。交通系ICカード（SuicaやPASMO、ICOCAなど）のSF（チャージ）利用で改札を通った場合、原則として振替輸送の対象外となるケースが多い。これは、ICカードでのチャージ利用が「実際の乗車区間に対する後払い契約」とみなされるためだ。広域運休が予想される台風時には、あらかじめ目的地までの紙の切符や定期券の適用範囲を確認しておくことが混乱回避の第一歩となる。
