警察側の対応もまた、大きな物議を醸した。事件を担当した愛知県警察は、システム障害の原因がサーバー側の実装不備にあることを見抜くことができず、偽計業務妨害罪を適用して男性を逮捕・拘留した。
当時のサイバー犯罪捜査における技術的な知識不足は明白だった。アクセスログの表層だけを鵜呑みにし、リクエストの送信元IPアドレスを根拠に「業務を妨害する攻撃者」と断定してしまったのだ。警察による勾留期間中、男性は取り調べに対して自身のプログラムの仕組みを説明しようとしたが、捜査員に理解されることはなかった。この強引な立件は、法執行機関が技術的背景を正しく解釈できないまま権力を発動した典型例として、猛烈な批判を浴びることとなった。
