停電に伴い、旅行者の最大の懸念となったのが新千歳空港の運航状況です。特に午前中の出発ラッシュ時間帯と重なったことで、出発ロビーには保安検査を受けられない旅客が滞留し、一時は建物の外にまで長蛇の列が伸びる異例の事態となりました。
航空各社（JAL、ANA、スカイマーク、AIRDO、LCC各社）は、端末ダウンにより手作業での搭乗手続きを余儀なくされ、1便あたりの搭乗処理時間が通常の3倍以上に膨れ上がりました。この影響で、国内線・国際線への影響は甚大なものとなり、羽田・伊丹・福岡線をはじめとする幹線を中心に1時間〜3時間以上の出発遅延が相次ぎ、一部の夜間到着便では目的地変更（ダイバート）や羽田空港への引き返し、さらには欠航の決定を余儀なくされた便も確認されています。
国際線においても、出入国管理（CIQ）システムの一次停止や手荷物スクリーニングの手作業化により、アジア圏を中心とする中長距離便の出発が大幅にずれ込みました。各社は機材のやりくりがつかない状態に陥り、翌日以降のフライトスケジュールにも玉突き的な遅延影響が懸念されています。
