日本人の身体的特徴を語る上で欠かせないのが、数万年前から日本列島に定住していた縄文人と、大陸から渡来してきた弥生人の混血プロセスです。このルーツの違いが、現代における目の色の地域差にも影響を与えています。
縄文人は彫りが深く、二重まぶたで体毛が濃く、比較的色素の多様性（やや明るい茶色の瞳など）を持っていたとされています。対して弥生人は寒冷地適応を経て大陸から渡ってきたため、一重まぶたでメラニン色素がしっかり詰まった濃い褐色の瞳を持つ傾向がありました。
現代ゲノム研究の進展により、地域ごとの遺伝的傾向が可視化されてきました。縄文人の遺伝的影響が色濃く残る東北地方や南九州・沖縄エリアでは、肌の白さに対して瞳の色が明るいブラウンであったり、独特の透明感を持つ瞳が見られる頻度が他地域よりやや高い傾向が指摘されています。日本列島の中で繰り返された歴史的な民族移動と交配が、豊かな瞳のグラデーションを生み出しました。
