箱根水の音の最大のストロングポイントは、敷地内にいながら「小涌谷温泉」と「宮ノ下温泉」という泉質の異なる2つの名湯を巡回できる点にあります。
本館「水香の庄」の大浴場（つつじの湯）は、柔らかな肌触りで神経痛や冷え性に良いとされる「小涌谷温泉（弱アルカリ性単純温泉）」を引き湯。新館「水月の庄」の大浴場（もみじの湯）は、ナトリウム-塩化物泉で保温効果が非常に高い「宮ノ下温泉」を使用しています。それぞれに開放的な内湯と露天風呂が備わっており、泉質の違いを肌で実感しながら本格的な湯めぐりが可能です。
さらに特筆すべきは、庭園の小道を進んだ先にある3つの無料貸切露天風呂（「紅葉」「黄葉」「はなれ湯」）の存在です。
多くの温泉旅館では有料（1回数千円）かつ事前予約制となっている貸切風呂ですが、当館では「空いていれば何度でも無料で利用できる」自由利用システムを採用しています。予約制ではなく、湯処へ向かう入り口に掲げられた木札（ランプ）を確認し、「空」になっていれば中から鍵をかけて利用する仕組みです。
この貸切風呂をストレスなく利用するためのポイントは時間帯の選定にあります。夕食直前の16時〜18時や夕食後の20時〜22時は利用が集中しやすいため、「チェックイン直後の15時台」「早朝の6時〜8時台」「夕食前半組が食事をしている18時〜19時台」を狙うことで、待ち時間なしで幻想的な庭園露天風呂を貸切にできます。
また、湯上がり処には時間帯に応じてアイスキャンディーや乳酸菌飲料が無料で用意されており、細やかなおもてなしが滞在の満足感を底上げしてくれます。
