刑事裁判と並行して、チーム自体の存続を巡る議論も急速に悪化の一途をたどりました。事件発覚当初、大学側は「個人の問題」として部自体の活動再開を模索し、一度は部活動停止処分を解除したこともありました。しかし、2人目、3人目の逮捕者が続いたことで、世論や関東学生アメリカンフットボール連盟からの反発は決定的なものとなります。
関東学生連盟は日大アメフト部に対し、「公式戦の出場資格停止」および「連盟からの除名処分」という最も重い決定を下しました。連盟側は、大学側の自浄能力の欠如と、複数部員への薬物汚染の広がりを重く見た処分理由を発表しました。
そして2026年12月15日の臨時理事会において、日大は日大フェニックスの廃部を正式決定しました。甲子園ボウル優勝21回、ライスボウル優勝4回を誇り、数多くの日本代表や名選手を輩出してきた80年以上の伝統は、薬物という許されざる不祥事によって完全にピリオドを打たれることになったのです。
