事件の発覚直後、管轄する東京都福祉保健局および関係保健所は直ちに現場の状況把握と店舗への立ち入り調査を開始した。調査の焦点となったのは、イベント出品用に製造された約3,000個もの大量のマフィンが、どのような環境で保管・輸送されていたかという点だ。
保健所の調査結果によると、製造過程における加熱不足や、焼き上げ後の冷まし作業時における長時間の常温放置、そして連日の高温多湿な環境下での保管が重なったことが直接の誘因とみられている。無添加という特性ゆえに保存料が含まれておらず、微生物が爆発的に増殖する格好の条件が整ってしまったのだ。行政側は食品衛生法に基づき、クラス1相当の最高レベルの回収命令を発令し、被害の全貌解明に向けた追跡調査を急いだ。
