新函館北斗駅に到着した乗客の多くが最も気にするのが、函館駅への移動ストレスです。現場の動線設計を検証すると、新幹線と在来線アクセス列車「はこだてライナー」の対面乗り換え構造は、全国の新幹線駅の中でも極めて秀逸なバリアフリー動線を実現しています。
新幹線ホーム（1階・11番線）に降り立った乗客は、同一平面上に設置された乗換改札口を抜けるだけで、わずか数歩から数十歩の距離で「はこだてライナー」専用の在来線ホーム（1・2番線）へアクセス可能です。階段やエスカレーターの上り下りを挟まない平面移動となっており、重いスーツケースを抱えた観光客や高齢者でも最短2分〜3分でのスムーズな乗り換えが可能です。
運行ダイヤは北海道新幹線「はやぶさ」「はやて」の全列車発着時刻と緻密にシンクロしており、接続待機時間は概ね10分〜20分程度に設定されています。移動時間は快速列車で最速15分、普通列車でも19分〜22分となっており、ICカード（Kitaca、Suica、PASMO等）の相互利用にも完全対応しています。
駅構内の利便性も見逃せません。改札外の1階および2階コンコースには大型スーツケース対応のコインロッカーが多数配備されており、観光案内所での手荷物預かり・宿泊先ホテルへの当日配送サービス（手ぶら観光サービス）も稼働しています。新幹線を降りてそのまま手ぶらで函館市内へ向かうスマートな動線が整っています。
