ネット上の古い口コミやレビューには「喫煙席でタバコが吸える」といった過去の情報が散見されますが、受動喫煙防止条例およびグループ統一方針に基づき、客席は全面禁煙となっています。専用の喫煙ブースの有無や運用状況については法令に合わせて更新されているため、愛煙家の方は入店前の確認が必要です。
さらに、ジョナサン新宿西口大ガード店へのアクセスに関しても知っておくべきポイントがあります。最寄り出口は都営大江戸線の新宿西口駅（D4出口など）や西武新宿駅ですが、JR新宿駅から向かう場合は「西口地上出口」または「新宿西口地下広場」から大ガード方向へ北上するルートが最も視認性に優れています。建物2階に位置するため、1階のエントランスサインを見落として通り過ぎてしまうケースが多く、大ガード交差点手前のビル看板を目印に進むことがスムーズな到着の秘訣です。
