忍者の組織に拾われ、過酷な訓練を経て実力派の忍者へと成長した土井半助でしたが、その心は冷酷な任務に染まりきることができませんでした。人命を道具として使い捨てる忍びの世界に強い葛藤を抱き、彼はついに自らの意志で組織を脱走する――すなわち死罪を意味する「抜け忍」の道を選択します。
当然ながら組織からの追っ手は容赦なく差し向けられ、土井先生は極限の逃亡劇を繰り広げることになります。山中を逃げ惑い、負傷し力尽きて倒れ込んでいた彼を偶然発見し救い出した人物こそが、当時すでに凄腕の忍者として名を馳せていた山田伝蔵(山田先生)でした。
山田先生は瀕死の土井先生を手厚く介抱しただけでなく、追っ手から彼を守り抜き、自らの自宅へと匿いました。山田先生の妻や息子の利吉とも家族同然に食卓を囲む中で、土井先生は失われていた「人の温もり」と「平穏な日常」を取り戻していきます。その後、山田先生が忍術学園の教員に就任する際、「お前も来い」と声をかけられたことがきっかけで、土井半助は教員としての新たな人生を歩み始めることになりました。