別府大分毎日マラソンのコースは、日本陸連公認コースのなかでも屈指の高低差の少なさを誇ります。高崎山うみたまご前をスタートし、別府市街地で折り返したのち、別大国道を南下してジェイリーススタジアム（大分市営陸上競技場）へと向かうワンウェイに近いレイアウトです。
全体の高低差は約10m未満と極めて平坦であり、急激なアップダウンがほとんど存在しません。この「徹底的に無駄な脚力を使わせないコース設計」こそが、毎年多くのランナーが自己記録（PB）を更新する最大の要因です。一方で、別府湾からの横風や終盤の直線道路における心理的疲労のマネジメントが勝敗を分ける重要なファクターとなっています。
