結論から言えば、「会社が指示していないから残業代は払わなくてよい」という理屈は、法的には通用しないケースがほとんどです。労働基準法における「労働時間」とは、労働者が事業主の指揮命令下に置かれている時間を指します。本人が自主的に残っていたとしても、その作業を会社が把握しながら止めさせなかった場合、法的には労働時間とみなされます。
2026年現在の労務環境において、コンプライアンス遵守の視線はかつてないほど厳しくなっています。シフト表の終了時間を過ぎて業務を行っている事実を認識しながら黙認していた場合、たとえ事前申請がなくても、法定時間外労働としての割増賃金を請求された際に会社側が拒否することは困難です。