一包化は非常に優れた調剤手法ですが、すべての薬に対応できるわけではありません。医薬品の物理的・化学的性質、あるいは安全管理上の規定により、一包化できない薬が明確に指定されています。
一包化の対象から除外される主な医薬品カテゴリーは以下の通りです。
- 吸湿性が極めて高い薬（潮解性製剤）：空気中の水分を吸って溶けたり変質したりする薬（例：バルプロ酸ナトリウム細粒・錠、マグミット等の酸化マグネシウム製剤の一部、プロスパスなど）。
- 光に対して不安定な薬（遮光保存薬）：紫外線や室内の蛍光灯・LED光で成分が分解・変色する薬。専用の遮光袋での個別管理が推奨されます。
- 揮発性・昇華性のある薬：有効成分が気化して他の薬剤へ移行したり効果が減弱したりする薬（例：狭心症発作時に用いるニトログリセリン舌下錠など）。
- 抗がん剤・免疫抑制剤・劇薬：錠剤の粉化や飛散による周囲への曝露リスク、誤飲時の重篤な副作用を避けるため、厳密な識別管理が求められる薬剤。
- 頓服薬・臨時薬：発熱時や痛みがある時だけ服用する薬は、定期薬と一緒に分包すると誤服用の原因となるため、別包装のまま渡されます。
また、患者や家族が事前に把握しておくべきメリットとデメリットのトレードオフも存在します。一包化最大のデメリットは「薬局での待ち時間」です。専用カセットのセット、分包、印字、そして薬剤師による「1包ごとの目視監査（異物混入や欠け、錠数間違いの確認）」という二重三重の安全確認が行われるため、通常のPTP処方に比べて調剤時間が大幅に長くなります。
さらに、体調変化によって処方内容が急遽変更された場合、すでに分包された薬を破棄・再分包せざるを得ず、薬剤が無駄になるという構造的弱点も持ち合わせています。
