魚魚丸の唯一の難点とも言えるのが、ピーク時の激しい混雑だ。土日祝日のディナータイムには待ち時間が60分〜120分を超えることも珍しくない。そこで重要になるのが、事前の魚魚丸の混雑状況と待ち時間対策である。
現在、最も効果的な回避策は魚魚丸の予約・順番待ち受付システムを利用することだ。店頭での発券機受付だけでなく、スマートフォン専用の魚魚丸公式アプリ・クーポン機能を活用すれば、自宅や移動中からリアルタイムの待ち組数を確認し、順番待ちのエントリーが可能となる。
アプリ内では来店回数に応じたスタンプ特典や、季節限定メニューで使える割引クーポンが定期配信されている。呼び出し通知の設定をしておけば、店内の混雑した待合スペースで長時間待機するストレスを大幅に軽減できるため、来店前のアプリ導入は必須と言える。