ファンの間で常に議論の的となるのが、「灰原哀の正体がバレる回はどこか」「黒ずくめの組織幹部はどこまで真相を掴んでいるのか」という疑惑です。結論から言えば、組織の認知状況は幹部ごとに真っ二つに分かれています。
まず、宿敵であるジンとシェリーの関係において、ジンはいまだ灰原哀の存在を認識していません。単行本24巻（アニメ176〜178話）「黒の組織との再会」では、ピスコの手によりホテルへ監禁されたシェリーに対し、煙突の屋上で待ち伏せしたジンが容赦なく銃弾を浴びせました。しかし、このときシェリーはパイカル（白乾児）の作用で一時的に大人の姿へ戻っていたため、ジンが見たのはあくまで「大人のシェリー」でした。ジンは現在も、彼女が子どもの姿に変貌しているという超常現象を露ほども疑っておらず、記憶の中にある長い茶髪のシルエットを追い続けています。
対照的に、極めて早い段階で真相に辿り着いていたのが「千の顔を持つ魔女」ことベルモットです。単行本42巻（アニメ345話）「黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二重ミステリー」において、ベルモットは新出医師に変装して帝丹小学校に潜入し、灰原哀の写真にダーツを突き刺して「Target」と宣告。ベルモットが狙う理由には、志保の両親が進めていた研究に対する根深い憎悪（「この世に神などいない」という思想的対立）と、組織の秘密を隠蔽したい思惑が複雑に絡み合っていました。
さらに激震が走ったのが、単行本78巻（アニメ701〜704話）の漆黒の特急 ミステリートレインです。ベルモットとバーボン（安室透）によって完全に追い詰められたシェリーでしたが、コナンの策により怪盗キッドがシェリーに変装して貨物車ごと爆破される狂言自殺を演出し、組織の公式記録上は「シェリー爆死」として処理されるに至りました。
