園内の中心的な存在である植物園ゾーンは、単なる観賞用の花壇にとどまらない。日本植物分類学の父・牧野富太郎が愛したような珍しい野草や自生植物が、自然に近い姿で活き活きと育てられているのが大きな特徴だ。道端の小さな草花一つひとつにラベルが添えられ、植物の生態を掘り下げて観察できる工夫が凝らされている。
観察路を進むと、珍しい湿地植物や滋賀県固有の植物生態系を間近で観察できるポイントが現れる。専門的な植物知識を持たない初心者でも、ガイド板の解説を読みながら歩くことで、まるでボタニカルツアーに参加しているかのような濃密な時間を過ごせる。