清教学園高校を検討する家庭において、しばしば生じる誤解の代表格が「宗教教育」に対する懸念です。同校はキリスト教主義（プロテスタント）に基づき、毎朝の礼拝や聖書の授業、クリスマス行事などが行われます。
しかし、これは信者の育成を目的としたものではなく、他者を思いやる倫理観や多角的な視野を育む人格教育の一環として位置づけられています。生徒の大半はクリスチャン家庭ではなく、宗教的な勧誘や強制も一切ありません。卒業生からは「聖書の言葉を通じて物事を深く考える習慣がついた」という好意的な振り返りが目立ちます。
もう一つの盲点は、「中高一貫生と高校からの高入生との壁」です。清教学園では高校入学段階で高入生専用のクラス編成を行い、カリキュラムの進度差を埋める補習や丁寧なフォローアップが設計されています。部活動や学校行事を通じて自然に打ち解け合うケースが多く、疎外感を感じる心配は杞憂と言えます。
