この異端運動の影は、遥か遠く離れた日本にも深く伸びていた。日本国内においては「ジャン＝マリー村上」として知られる人物らが中心となり、リトル・ペブルの教義を国内に広める役割を果たしていた。彼らは聖シャルベル修道会の日本支部的な位置づけとして独自の活動を展開し、熱烈な信者を獲得していった。
日本国内で結成された「リトル・ペブル同好会」などの関連組織は、本国のスキャンダルや法的追及が出た後も、教団側の主張を熱心に防衛し続けた。しかし、オーストラリア本国での裁判でウィリアム・カムの罪実が確定すると、国内の活動も急速に地下潜行を余儀なくされた。現在でも国内の一部信者層は、インターネット上で秘密裏に通信を維持し、過去の翻訳資料や説教録を共有し続けているとみられる。
