事故直後から囁かれ始めた疑惑の中で、最も広範に流布したのが「自衛隊の訓練用標的機（ターゲット・ドローン）の衝突」あるいは「自衛隊または米軍のミサイル誤射」とする説である。事故機が相模湾上空で異常事態に陥った際、相模湾周辺で自衛隊が演習を行っていたという噂や、事故直前の機体写真に写り込んだオレンジ色の影といった断片的な情報が結合し、言説は肥大化した。
救援部隊の現場到着が翌朝にずれ込んだ事実も、疑惑に油を注いだ。「政府や防衛庁（当時）が不都合な事実を隠蔽するために捜索を遅らせたのではないか」という不信感である。生存者の発見が遅れた焦燥感と国家権力への疑念が重なり、噂は単なる都市伝説を超えて膨らみ続けた。
