鬼怒川ライン下りの営業期間は、例年4月中旬から11月下旬までの約7ヶ月半となっており、冬季（12月〜翌年3月）は河川凍結や水量の関係で営業を休止します。
1日の運行ダイヤは、午前9時台の第1便から午後3時台後半の最終便まで、おおむね30分〜40分間隔で1日10数便が運航されています。乗船してから下船ポイントである「大瀞（おおどろ）」までの純粋な乗船時間は約35分〜40分（鬼怒川温泉駅への帰着を含めた全体所要時間は約1時間）です。川の水量によって流れの速さが変わるため、水が多い日はスピーディーに、水が穏やかな日はゆったりとした航行になります。
渓谷がもっとも華やぐベストシーズンは、山肌が燃えるような赤や黄色に染まる10月下旬〜11月上旬の紅葉期です。「楯岩（たていわ）」「積み木岩」「ゴリラ岩」といった奇岩と色鮮やかな木々が織りなすコントラストは息をのむ美しさで、水面近くから見上げるダイナミックな景観はこの舟下りならではの醍醐味といえます。
