多くの参拝者が抱く最大の疑問が、「市杵島姫命と弁財天は同一人物なのか」という点です。結論から述べれば、神道の「市杵島姫命」と仏教・ヒンドゥー教の「弁財天（サラスヴァティー）」は元来異なる出自の存在でありながら、歴史的な神仏習合のプロセスによって完全に一体化して信仰されてきたというのが歴史的事実です。
平安時代から鎌倉時代にかけて、日本の神々は仏や菩薩が仮の姿で現れたものとする「本地垂迹説（ほんじすいじゃくせつ）」が急速に浸透しました。その際、次のような共通点から両神の習合が進みました。
- 水の霊力：古代インドの大河サラスヴァティーを神格化した弁財天と、海と水流を司る市杵島姫命の水神としての合致
- 知恵と表現力：弁財天の司る言語・音楽・学問の力と、神託を告げ祭祀を司る市杵島姫命の言霊信仰の共鳴
- 女性性と神聖美：ともに絶世の美しさを持ち、富と繁栄をもたらす母性的な福徳神としての共通項
この融合によって、鎌倉・室町期には「江の島（神奈川県）」「竹生島（滋賀県）」「厳島（広島県）」が日本三大弁天として熱狂的な信仰を集めました。しかし、明治維新直後の1868年に出された「神仏判然令（神仏分離令）」によって、大きな転換点が訪れます。幕府体制から神道国家への再編を図る明治政府により、寺院と神社を明確に分離することが義務付けられた結果、それまで弁財天を祀っていた多くの社寺が、主祭神を日本神話の「市杵島姫命」へと改称・登記したのです。
したがって、社号に「市杵島姫神社」と掲げていながら、手水舎に琵琶を持った弁天像が置かれていたり、白蛇を眷属（使者）として祀っていたりするのは、この神仏分離を生き延びた重層的な信仰の名残に他なりません。現代の宗教民俗学においても、市杵島姫命と弁財天を厳密に切り離して参拝するのではなく、数百年かけて培われた「美と富と水を束ねるハイブリッドな御神徳」として受け止めるのが最も自然なアプローチとされています。
