利用者が最も罠にハマりやすいのが、品川・横浜間の駅における通過問題です。「高崎線からの直通で『普通』と表示されているから乗ったのに、なぜか新川崎を通過した」「保土ケ谷に行きたいのに、目の前を快速が駆け抜けていった」という叫びは、毎日のように繰り返されています。
なぜこのような運行形態になっているのでしょうか。その背景には、首都圏の鉄道史と線路容量、そして「遠近分離」という鉄道運行の大原則が存在します。
もともと湘南新宿ラインが走行している大崎〜横浜〜大船間のルートは、貨物線（旧蛇窪信号場〜品鶴線）や横須賀線の線路を借用して設定された歴史があります。ここで重要なのが、駅のホーム構造です。
- 新川崎駅：横須賀線の線路上にのみホームがあり、東海道線にはホームが存在しない。
- 保土ケ谷駅・東戸塚駅：横須賀線の線路上にのみホームがあり、並走する東海道本線の線路側にはホームが作られていない。
- 西大井駅：横須賀線（品鶴線）と相鉄直通線が停車するが、湘南新宿ラインの快速および東海道線直通列車は通過設定。
高崎線〜東海道線系統の列車は、名目上「東海道線直通の普通列車」です。東海道線はもともと保土ケ谷や東戸塚、新川崎には停車しない長距離幹線であるため、湘南新宿ラインという看板を掲げていても、扱いはあくまで「東海道線普通」となります。物理的にホームがない、あるいは横須賀線利用客との客層分離（遠距離通勤客の速達性確保）を行うため、種別が「普通」であってもこれらの駅を堂々と通過していくのです。
対して宇都宮線〜横須賀線系統は「横須賀線直通」であるため、各駅停車（普通列車）であれば新川崎・保土ケ谷・東戸塚にも律儀に停車します。しかし、ひとたび「快速」になると、スピードアップと混雑緩和を目的にこれらの駅をスキップします。これが「同じ線路を走っているのに、止まる列車と止まらない列車が混在する」怪奇現象の種明かしです。
