メディアミックスごとに主人公・草間大作の設定が大きく変容している点も、本作の特筆すべきポイントです。原作漫画の大作は、地球の平和を守る国際秘密警察「ユニコーン機関」の日本支部員「U7（ユーセブン）」というコードネームを持つ正規工作員として登場します。
時計型操縦機に最初に声を登録したことでロボの唯一の操縦者となった大作ですが、漫画版では子供らしさに甘えることなく、銃撃戦や潜入任務を冷静にこなすプロフェッショナルとして描かれています。この張り詰めたスパイアクションの空気感が、作品全体に強烈な緊張感をもたらしていました。
一方、敵対する悪の秘密結社「BF団（ビッグファイア団）」を統率するギロチン帝王の正体と描写にも大きな違いがあります。特撮版のギロチン帝王は「宇宙から襲来した怪獣王」のようなド派手なエイリアン姿でしたが、漫画版では冷酷非情な世界征服を企む謎の独裁首領として描かれ、組織の階級や作戦行動もより軍事サスペンス寄りの設定で進行します。
