繁忙期や週末に最もトラブルが多発するのが、愛媛大分フェリー車持ち込み料金を払ってマイカーを乗せる際の手続きと予約管理です。
特に国道九四フェリーは「1日16往復」という高頻度運航を行っているものの、船体が中型船（「速なみ」「涼かぜ」「遊なみ」など）であるため、1便あたりに積載できる乗用車の台数には限りがあります。そのため、大型連休（GW・お盆・年末年始）や連休の初日・最終日には、国道九四フェリー予約当日枠を求めて三崎港や佐賀関港の駐車場に長蛇の列ができる光景が日常化しています。
「当日港に行けば何とかなるだろう」と予約なしで向かった結果、3〜4便待ち（約3〜4時間待機）となり、結局八幡浜から別府行きのフェリーに乗った方が早かったという失敗談は後を絶ちません。公式WEBサイトでは国道九四フェリー混雑状況リアルタイム表示が提供されており、現在の待機車両台数や当日枠の空き状況を確認できるため、無予約で向かう場合は出発前の確認が絶対条件となります。
また、海峡横断ルートで常に意識すべきは愛媛大分フェリー運航状況欠航情報です。豊予海峡は潮の流れが速く、台風接近時や冬場の発達した低気圧・強風時には波が高くなりやすく、欠航基準に達することがあります。特に小型・中型船である国道九四フェリーは外洋のうねりの影響を受けやすいため、天候不良が予想される日は各社の公式サイトで運航判断を必ずチェックしましょう。
