ファンの間で最も検索需要が高いトピックの一つが、芳根京子の結婚相手や熱愛彼氏の噂です。結論から述べると、2026年現在において芳根京子は結婚しておらず、公式発表された配偶者はいません。また、週刊誌等による決定的なツーショットや熱愛交際のスクープも出ておらず、現在は仕事に全力で向き合っている状況です。
これまでネット上では、数多くの人気俳優との熱愛疑惑が囁かれてきました。その筆頭として挙げられるのが志尊淳との関係です。二人はドラマ『表参道高校合唱部！』（2015年）や映画『先輩と彼女』（2015年）をはじめ複数の作品で共演し、SNS上でも非常に仲睦まじいオフショットを公開していたことから、「本当に付き合っているのではないか」とファンの間で大きな話題になりました。
しかし、当時のバラエティ番組や雑誌の対談取材において、芳根京子自身が志尊淳について「戦友であり、何でも話せる心強い仲間」と語っており、恋愛関係ではなく役者としての深いリスペクトで結ばれた親友関係であることが明白です。その他にも共演した俳優陣と噂が立つケースが散見されますが、いずれも劇中でのリアルすぎるケミストリー（相性）や息の合った演技が視聴者の願望混じりの憶測を生んだ結果と言えます。
