行政機関を訪れる際に大きなストレスとなりがちな駐車スペースの問題ですが、新潟市東区役所駐車場は一般的な行政庁舎とは一線を画しています。商業施設跡地を活用しているため、無料の平面・立体・地下駐車場を合わせて約700台という破格のキャパシティを備えています。
しかし、利用にあたって注意すべき落とし穴が存在します。複合施設「東区プラザ」では市民向けホールや講座室、子どもの遊び場が併設されており、週末だけでなく平日午前中にもサークル活動や健康診断、子育て関連のイベントが頻繁に開催されます。これらと時間が重なると、正面側の平面駐車場は満車に近くなり、奥のスペースや立体駐車場へ回らざるを得なくなります。
雨や雪の多い新潟の気候を考慮すると、地下駐車場の利用が賢い選択です。庁舎直結のエレベーターが稼働しているため、悪天候の日でも濡れずに館内へアクセスできます。また、公共交通機関でのアクセスと最寄り駅の関係については、JR白新線の「東新潟駅」が最寄りとなりますが、駅からは徒歩で約20〜25分を要します。新潟駅万代口のバスターミナルから発着する路線バス（大形線または牡丹山線など）を利用し、「下木戸」または「東区役所前」停留所で下車するルートが公共交通利用では最も実用的です。
