健康効果が極めて高い黒ごまペーストですが、無制限に摂取して良いわけではありません。ごまはその成分の約50%が脂質（リノール酸・オレイン酸などの不飽和脂肪酸）で構成されており、100gあたりのエネルギーは約600kcalに達します。
良質な油分であるとはいえ、短期間に大量摂取（1日大さじ3杯以上）を続けるとカロリーオーバーによる体重増加や、皮脂分泌の乱れによる肌荒れ、消化不良に伴う軟便・下痢を引き起こすリスクがあります。また、ごまには微量のシュウ酸も含まれるため、結石体質の人は過剰摂取を避け、1日あたり大さじ1〜2杯（約10〜20g、約60〜120kcal）を上限とする習慣化が安全かつ効果的です。
保存方法に関しても重大な盲点が存在します。「開封後はとりあえず冷蔵庫」と保管しがちですが、純黒ごまペーストは冷蔵庫に入れると含まれる油分が冷えて硬化し、底に沈殿したごまの固形分と分離してスプーンが通らなくなってしまいます。乳化剤不使用の純製品は、直射日光と高温多湿を避けた冷暗所（常温）で保存するのが正解です。開封後は酸化を防ぐため蓋をしっかり閉め、約2〜3ヶ月を目安に使い切るのが風味を損なわないベストな管理法です。使うたびに清潔で乾いたスプーンを用い、底からしっかりと練り混ぜて油分を均一に戻すことが品質保持の鉄則です。
