急拡大の光がある一方で、規制当局の視線は厳しさを増している。日本の金融庁をはじめ、米SECや欧州証券市場監督局（ESMA）は、過度な自動取引が局所的なフラッシュ・クラッシュ（価格の急落）を引き起こす可能性について警戒感を強めている。不規則な注文の相次ぐ発注が市場の健全性を損なわないか、国際的な枠組みでのガイドライン策定が急ピッチで進む。
セキュリティリスクの管理も喫緊の課題だ。高速で大規模な資金移動を行うシステムの脆弱性を突いたサイバー攻撃や、アルゴリズムのバグによる偶発的な大量誤発注のリスクは否定できない。運用側には、分散型の分散検証システムや緊急停止スイッチ（キルスイッチ）の二重三重の構築が強く求められている。
