しかし、水を抜けばすべてが解決するわけではない。専門家からは、一時的な駆除だけでは数年で元の状態に戻ってしまうという指摘もなされている。特に生命力の強いアメリカザリガニやアカミミガメは、わずかな生き残りが再び爆発的に繁殖するケースが後を絶たない。
そのため、最近では「根絶」を目指すのではなく、在来種が生き残れるだけの「コントロールされた環境」を維持する方向へと舵が切られ始めている。外来種を悪者として排除するだけでなく、なぜそれらが繁殖したのかという根本的な水質改善や、人間活動の影響を見直す動きが活発化している。
