受診者が事前に把握しておくべき最重要事項の一つが、保険適用と自由診療（美容皮膚科）の線引きです。山本皮膚科と名の付く各院では、ニキビやシミ、いぼ、肌荒れといった相談が多く寄せられますが、治療法によって費用体系とアプローチが根本から異なります。
尋常性痤瘡（ニキビ）治療を例にとると、保険診療の範囲内でも過酸化ベンゾイル（BPO）製剤やアダパレン（レチノイド様作用外用薬）、各種抗生物質外用薬・内服薬など、標準治療の選択肢が極めて充実しています。皮膚科専門医の多くは、まず健康保険が適用されるエビデンスに基づいた処方を第一選択とし、3割負担（数百円〜数千円程度）で継続的な炎症鎮静と毛穴詰まりの解消を図ります。山本皮膚科の多くが支持される理由は、初診から高額な自費治療へ無理に誘導せず、保険適用内で着実に結果を出す手腕にあります。
一方、炎症が治まった後の「陥凹したニキビ跡（クレーター）」や「根深い色素沈着」、あるいはシミ・そばかすへのレーザー照射、ケミカルピーリングなどは自由診療の領域となります。美容皮膚科を併設している院（城東区の山本皮フ科クリニックや広島西区の山本皮膚科医院など）では、保険治療で限界に達した患者に対し、希望に応じてケミカルピーリングやビタミンC導入、レーザー施術などのオプションを提示します。自由診療は全額自己負担となり、1回あたり数千円から数万円の費用がかかるため、診察時に「どこまでを保険で治し、どこから自費を選択するか」を明確に医師へ伝える姿勢が大切です。
