海上に架かる長大な橋を渡るという地理的宿命から、快速マリンライナーは気象条件の影響をダイレクトに受けます。特に冬場の強い季節風や、春先の春一番、台風の接近時には、強風遅延運休情報が日常的に発表されます。
JR四国およびJR西日本は、瀬戸大橋上の風速計が規制値（一般に風速20m/s以上で速度規制、25m/s以上で運転見合わせ）に達すると、乗客の安全確保を最優先として直ちに列車の運行をストップさせます。いったん運転見合わせとなると、風が収まり現地の安全確認が完了するまで数時間にわたり橋の上が封鎖されることも珍しくありません。
天候悪化の兆候がある場合、旅行者が取るべき行動指針は以下の通りです。
出発前には必ずJR四国運行情報やJR西日本の「列車運行情報」公式ページを確認してください。運行規制が予告されている場合、早めの列車に前倒しして乗車するか、迂回ルートの検討が必要になります。
瀬戸大橋線が完全にストップした場合の代替交通手段として、新岡山港と小豆島を経由して高松へ渡るフェリールートや、宇野港（岡山県玉野市）から直島を経由して高松港を結ぶ航路が存在します。また、本州と四国を結ぶ高速バス（岡山〜徳島線や神戸・大阪方面からの高速バス）は、道路橋の規制基準が鉄道と異なるため、鉄道が止まっていても道路が走行可能なケースがあります。天候が荒れ模様の日は、「橋が止まるかもしれない」という前提に立ち、スケジュールに十分なマージンを設ける危機管理意識が求められます。
【プロの結論】おすすめできる人・慎重になるべき人の判断基準
快速マリンライナーを移動手段として選択する際、旅の目的や条件によって向き・不向きがはっきりと分かれます。後悔しないための明確な判断基準を提示します。
【快速マリンライナーの利用が強くおすすめできる人】
・本州〜四国間を最短時間かつ最も低コスト・高頻度で移動したい人
・瀬戸内海の多島美を鉄道の車窓から大パノラマで眺めたい人
・e5489を活用してスムーズにチケットレス乗車を行い、確実な着席空間を確保したいビジネスマン・個人旅行者
【利用に慎重になるべき、または別ルートを想定すべき人】
・台風や春の嵐など、風速20m/sを超える強風警報が出ている日程で分単位の過密スケジュールを組んでいる人（飛行機や高速バスへの早期切り替えを視野に入れるべき）
・青春18きっぷで「追加の普通運賃を払わずにグリーン車の贅沢旅を楽しみたい」と考えている人（制度上不可能なため普通車指定席に留める必要がある）
・混雑する時間帯に乳幼児連れや大量の荷物がありながら、指定席を確保せず自由席に飛び乗ろうとしている人
