如意輪寺を訪れる参拝者の多くが楽しみにしているのが、独自性の高い御朱印とお守りの授与です。
御朱印には、御本尊「如意輪観世音」の力強い墨書とともに、愛らしいカエルのイラストや季節の花々があしらわれています。風鈴祭りの期間や季節限定で頒布される限定切り絵御朱印や見開き御朱印は、デザインの秀逸さからコレクターの間でも話題です。持参した御朱印帳への直書き対応（混雑状況や寺務所の体制により書き置き対応となる場合あり）も行われており、1冊1冊丁寧に想いが込められています。
また、授与所で頒布される「お守りの種類」も極めて多彩です。
- 無事かえる守：交通安全や旅行安全を願うドライバー・旅人向けのお守り
- 金運かえる守：使ったお金が手元に「かえる」とされる金運上昇守
- 若がえる健康守：いつまでも若々しく健康に過ごすための長寿健康守
- ご縁かえる守：良縁や人間関係の好転を祈願するお守り
御朱印の授与所は9:00〜16:30頃まで開いていますが、土日祝日や風鈴祭り・紅葉のピーク時は長蛇の列ができることがあります。待ち時間を最小限に抑えたい場合は、午前中の早い時間帯（9:00〜10:00）または夕方前（15:30以降）の参拝が推奨されます。
