忍術学園の基本構造は、学年ごとの「組（い・ろ・は）」と、学年を横断して結成される「委員会」という2つの軸で成り立っている。このマトリクス構造こそが、キャラクター同士の多彩な人間模様を生み出す最大の仕掛けだ。
まず根幹をなすのが、落ちこぼれとされる「1年は組」。主人公の猪名寺乱太郎、摂津のきり丸、福富しんべヱをはじめ、学級委員長の黒木庄左ヱ門、山村喜三太、皆本金吾、佐武村虎若、笹山兵太夫、夢前三治郎、二ノ坪怪士丸、加藤団蔵といった個性豊かな面々が揃う。彼らを導く担任の土井半助と山田伝蔵のコンビは、時に厳しく時に温かい理想の師弟像を体現し、作品の精神的支柱として機能してきた。
一方で、学年の枠を超えた絆を生み出しているのが「委員会」だ。保健委員会、図書委員会、用具委員会、会計委員会、作法委員会、体育委員会、学級委員長委員会、火薬委員会、生物委員会といった各種委員会では、上級生が下級生の手を引いて活動する。この縦の繋がりが、各キャラクターの普段見せない責任感や優しさを引き出し、ファンに深いエモさを感じさせるのだ。
