視力を失ったムスカは、その後どうなったのでしょうか。絶叫しながら逃げ惑う姿を描いたあと、カメラは崩壊するラピュタ全体へと引いていきますが、映像をコマ送りで精査するとムスカの明確な最期が記録されています。
ラピュタの底部にある巨大な飛行石の球体が離脱し、都市の構造物が瓦礫となって海へと落下していくカットの中に、崩れ落ちるブロックや大木とともに下層へと投げ出される小さな人影が描かれています。青い軍服を着たその人物こそがムスカ大佐本人です。
ジブリ作品では悪役であっても直接的な流血描写は避けられますが、数百メートル上空からの落下により、海面へ激突して命を落としたことは疑いようがありません。自らが支配しようとした天空の城とともに海へと沈む幕引きは、支配者の完全な終焉を象徴しています。