作中の陰で糸を引く秘密結社「ゼーレ（SEELE）」は、なぜ巨費を投じてNERVを設立し、汎用ヒト型決戦兵器エヴァンゲリオンを建造させたのでしょうか。その行動指針となっていたのが、太古の始祖民族が残した運行マニュアルであり予言書である死海文書の予言（裏死海文書）でした。
ゼーレの目的は、単に使徒を撃破して平和を取り戻すことではありません。彼らの真の狙いはサードインパクトの真相に直結しています。死海文書の記述通りに使徒をすべて殲滅した上で、自らの手で管理された制御下サードインパクトを人為的に引き起こすこと。それこそがエヴァンゲリオン人類補完計画です。
知恵の実しか持たず、個体としての肉体的な限界と孤独に苛まれる人間（リリン）は、このままではいつか種として行き詰まり自滅する。ならば、全人類のA.T.フィールドを強制的に解体し、肉体を原初の生命のスープである「LCL」へと還元して全霊魂を一つに融合させようと考えました。さらに、リリスとアダムの肉体を融合させた完全な神の依代（エヴァンゲリオン）へと宿ることで、人類という種全体を「知恵の実と生命の実を併せ持つ永遠の単一生命体」へと昇華させる——これがゼーレの目指した歪んだ不老不死のユートピアでした。
対して、NERV司令官・碇ゲンドウはゼーレの計画を利用しながら、自らの肉体に復元されたアダムを取り込み、リリスと同化した綾波レイを通じてサードインパクトの主導権を奪取しようと画策しました。亡き妻・碇ユイと再会するためだけに全世界を巻き込むという、壮大なエゴイズムが二重の陰謀として絡み合っていたのです。
なお、2007年から展開された『ヱヴァンゲリヲン新劇場版』シリーズでは、この構図に大規模な再定義が施されました。新劇場版使徒の違いとして顕著なのは、使徒の総数が13体前後に再編された点（カヲルが「第1使徒にして第13使徒」へ堕とされる構造）や、設定の根底に「アダムス（4体の光の巨人）」や「ゴルゴダオブジェクト」「マイナス宇宙」といったメタSF的階層が導入された点です。しかし、「生命の限界を超克しようとする人間の傲慢と贖罪」という核となるテーマは、新旧両シリーズで一貫して受け継がれています。
