六代目山口組の統治機構は、ピラミッド型の強固な中央集権体制で構築されています。その頂点に君臨するのが司忍組長であり、実質的な組織運営と実務全般の指揮を執るのが高山清司若頭です。組織運営の骨格を担う最高幹部から直参（直系組長）に至る最新の役職構成は、以下の序列で機能しています。
【六代目山口組 最高幹部・主要役職一覧】
- 組長：司忍（篠田建市）
- 若頭：高山清司（三代目弘道会総裁）
- 舎弟頭：青山千尋（二代目伊豆組組長）
- 統括委員長：橋本弘文（極心連合会元組長などの系譜を汲む重鎮ポスト）
- 本部長：森尾卯太男（大同会会長）
- 若頭補佐：組織の中枢実務を統括する直参有力団体のトップ（三代目弘道会会長・竹内照明、四代目吉川組組長・吉村俊平、二代目兼一会会長・荒木一彦など）
- 舎弟：組長の兄弟分として位置づけられる古参重鎮
- 幹部・若中：全国各地に拠点を置く「直参」と呼ばれる直系組長たち
直参の数は、最盛期には100名近くに達していましたが、近年の組織再編と引退・服役に伴い約40〜50名規模へとスリム化されています。直参はそれぞれが傘下に数十〜数百名の組員を抱える独立組織の首領であり、この直系組長たちが毎月の定例会に参集することで、組織の統一意思が決定・伝達される仕組みです。
