ペットボトル加湿器の最大の強みは、「タンク自体を新品のペットボトルに交換できるため、一般的な加湿器よりタンク清掃の手間が少ない」という点です。しかし、本体の噴霧口や内部パーツ、給水芯（コットンバー）の管理を怠ると不衛生になります。安全に使用するための基本ルールは以下の4点です。
1. 必ず新鮮な水道水を使用する（ミネラルウォーターは厳禁）
「体に良さそうだから」とミネラルウォーターや浄水器の水を使用するのは危険です。日本の水道水には法律で定められた次亜塩素酸（残留塩素）による殺菌効果があり、雑菌の繁殖を約1日抑える力があります。塩素の抜けたミネラルウォーターや浄水は半日も経たずに雑菌が急増するため、必ず毎朝新しい水道水を注いでください。
2. ペットボトルは1〜2週間ごとに新品へ交換する
同じペットボトルを数ヶ月にわたって使い回すと、ボトル内壁にバイオフィルムが定着します。500mlの空きボトルは定期的に新品へ取り替えることで、タンク洗浄の手間を省きつつ常に衛生的な状態を維持できます。
3. 給水芯（フィルター）の寿命と交換時期を守る
吸水スティック（綿棒状の芯）の寿命は、連続使用で約1〜2ヶ月が目安です。水道水に含まれるカルシウムやミネラル分が固着するとミストの噴霧量が低下し、放置するとカビの温床になります。先端が変色したりミストの出が悪くなったりした場合は、市販の汎用交換芯に速やかに取り替えましょう。
4. 超音波振動板のカルキ汚れはクエン酸で除去する
ミストが出にくくなる原因の多くは、超音波振動板に水道水のカルキ（炭酸カルシウム）が白く固着することです。週に1回程度、水で薄めたクエン酸水を綿棒に染み込ませ、振動板の金属部分を優しく撫でるように拭き取ると噴霧性能が新品同様に回復します。
