両団体の関係を理解する上で避けて通れないのが、静岡県富士宮市に所在する総本山・大石寺を仰ぐ「日蓮正宗（にちれんしょうしゅう）」という共通のルーツです。第二次世界大戦後の高度経済成長期、戸田城聖第2代会長のもとで爆発的な拡大を遂げた創価学会も、浅井甚兵衛・昭衛親子によって率いられた顕正会（当時の名称は「妙信講（みょうしんこう）」）も、元来は大石寺に帰属する信徒組織でした。
平和な共存が瓦解し、血で血を洗う対立へと発展した最大の契機が、1970年代初頭に大石寺境内で進められた「正本堂（しょうほんどう）問題」です。創価学会の第3代会長・池田大作氏が主導し、国内外の信徒から集めた莫大な供養金をもとに建立された正本堂に対し、学会および当時の宗門執行部は「事実上の本門事の戒壇」と位置づけました。これに猛然と反旗を翻したのが妙信講でした。
妙信講の浅井昭衛氏らは、「日蓮の唯一の遺命は国家の意志として建てられる国立戒壇（こくりつかいだん）であり、学会が建てた正本堂を本門事の戒壇と偽ることは大石寺の教義を根底から破壊する背教行為だ」と強硬に主張。学会本部への街宣車による突入抗議や関係施設への乱入事件を起こすまでに過激化しました。事態を重く見た日蓮正宗管長（法主）は1974年、妙信講に対して「解散処分」を下し、信徒としての籍を完全に剥奪（破門）しました。
その後、妙信講は「日蓮正宗顕正会」と名乗る独立路線へと舵を切ります。一方の創価学会も、宗門との蜜月は長く続きませんでした。宗門僧侶による信徒蔑視や教義の主導権争いが表面化し、1991年11月、日蓮正宗（阿部日顕法主体制）から創価学会へ「破門通告」が突きつけられます。結果として、現在はいずれの団体も日蓮正宗の傘下にはなく、互いに総本山から切り離された立場でありながら、教義解釈と正統性をめぐって修復不可能な断絶を抱え続けています。
