イカ大根を作った際に「イカが縮んで硬化し、パサついてしまう」という失敗は、イカ特有の筋肉構造に原因があります。イカの筋肉は魚類と異なり、筋線維が横方向に密に重なっており、コラーゲンを多く含む結合組織が網目状に張り巡らされています。この筋線維は55℃〜60℃付近から急激に収縮を始め、70℃を超えると組織内の水分を一気に絞り出してしまう性質を持っています。
多くの家庭でやりがちな「大根が柔らかくなるまでイカと一緒に30分煮込む」という調理法は、イカにとって最も水分が抜け落ち、ゴム化しやすい最悪の環境です。イカの身を柔らかく仕上げるアプローチは科学的に2つしか存在しません。
1つ目は、「極短時間の加熱（2〜3分以内）で仕上げる」方法です。煮汁が沸騰したところにイカを投入し、火が通った瞬間に一度バットなどに取り出します。その後、残った煮汁で大根をじっくり煮込み、最後にイカを戻して温めるだけで、ふっくらと柔らかな食感を維持できます。
2つ目は、「コラーゲンが完全にゼラチン化するまで長時間（または圧力鍋で）煮込む」方法です。長時間の煮込みによって筋線維の結合組織が崩壊し、別の柔らかさが生まれますが、イカの旨み成分が煮汁に抜け出やすくなる側面もあります。プロの現場で圧倒的に支持されているのは、香りと食感を両立できる前者の「二段階加熱」です。
また、味の仕上がりを大きく左右するのがイカの下処理です。内臓（ワタ）を引き抜き、軟骨を取り除いた後、胴の内側に残る薄皮やぬめりをキッチンペーパーで丁寧に拭き取ります。吸盤についている固いリング（角質環）は包丁の背でこそげ落とすことが必須です。さらに、イカの胴の表面に数ミリ間隔で浅く斜めの格子状に隠し包丁を入れておくと、熱による縮みを防ぎ、噛み切りやすさが飛躍的に向上します。
