与論島への海路を支えているのが、マルエーフェリー（フェリーあけぼの／フェリー波之上）とマリックスライン（クイーンコーラルプラス／クイーンコーラルクロス）です。2社が交互に運航し、毎日1便が鹿児島新港と那覇港の間を行き来しています。
船旅ならではの広大な東シナ海の景観や旅情、飲食持ち込みの自由度は魅力的ですが、現場取材や利用者データから浮かび上がる絶対的な注意点があります。それが「抜港（ばっこう）」と呼ばれる現象です。
与論島の主港である与論港（供利港）は、サンゴ礁を掘り込んで作られた港であり、外洋からの波浪やうねりの影響を直接受けやすい構造になっています。そのため、台風接近時はもちろんのこと、冬場（12月〜2月）に吹く強い北西の季節風によって波高が上がると、船が接岸できずに港を通過してしまう「条件付き運航」や「抜港」が突発的に発生します。
旅行口コミサイトやSNSの現場報告でも、「那覇からフェリーに乗ったものの、波が高くて与論島に降りられず、そのまま沖永良部島まで連れて行かれた」「帰りのフェリーが抜港になり、急遽飛行機の空席を争奪する羽目になった」という体験談が後を絶ちません。与論島フェリーの欠航率は年平均で見ると数パーセント台ですが、冬期や台風シーズンには局地的に跳ね上がります。海路を選択する際は、万が一延泊や旅程変更が発生しても対応できる日程的余裕を持たせることが鉄則です。
