阿弥陀山清水寺は、信濃三十三観音霊場第31番札所および佐久三十三観音霊場第29番札所に位置づけられており、巡礼者にとって重要な拠点です。墨色の力強い筆致と朱印のコントラストが美しい御朱印は、多くの愛好家から親しまれています。
納経所（庫裏）にて直書きまたは書置きの御朱印（初穂料は通常300円〜500円程度）を拝受できますが、山間の寺院ゆえに住職が法務等で一時的に不在となる時間帯もあります。その際は本堂周辺に用意されている書置き（書き置き御朱印）をいただく形となる場合があるため、小銭（100円硬貨）をあらかじめ準備しておくのが参拝のマナーです。
混雑状況の実態を現地利用者の声から分析すると、京都や鎌倉のような大混雑・行列が発生することは滅多にありません。年間を通じて落ち着いた静寂が保たれています。ただし、10月下旬から11月上旬の紅葉最盛期およびゴールデンウィークの好天時には、県内外からハイカーや写真愛好家が集まり、午前10時から午後14時頃にかけて駐車場が一時的に満車に近づくことがあります。静寂の中でじっくりと堂宇と向き合いたい方は、午前8時台から9時台の早朝参拝が最も適しています。
